Mộc Châu Milk đáp ứng đầy đủ yêu cầu về các tiêu chuẩn chất lượng, an toàn thực phẩm, được cấp chứng chỉ Hệ thống quản lý chất lượng đạt tiêu chuẩn quốc tế ISO 9001:2015, Hệ thống An toàn thực phẩm FSSC 22000, Hệ thống tiêu chuẩn chứng nhận thực phẩm phù hợp yêu cầu cho người Đạo Hồi HALAL và Hệ thống quản lý & bảo vệ môi trường theo Tiêu chuẩn Quốc tế ISO 14001:2015.

Bên cạnh đó, toàn bộ các trang trại của Mộc Châu Milk đều đáp ứng tiêu chuẩn về Quy trình thực hành chăn nuôi tốt cho chăn nuôi bò tại Việt Nam (VietGAHP)